Für den Personenschutz Hitlers war der Reichssicherheitsdienst – RSD zuständig, deren Leiter SS-Brigadeführer Rattenhuber war. Der RSD war in 2 Gruppen eingeteilt, zu jeder gehörten 10 Kriminalfunktionäre und mehrere persönliche Leibwächter Hitlers. Die RSD-Funktionäre hatten den Befehl miteinander nicht zu verkehren und nur bei Notwendigkeit zu reden und durften nicht Hitlers Quartier betreten, außer in Ausnahmesituationen, wie die Überprüfung der Arbeiter im Gebäude. Wenn Hitler sich außerhalb seines Quartiers befand, musste sich der RSD-Funktionär in solcher Reichweite vom Führer halten, die es ermöglichte die sich Hitler nähernde Personen aufzuhalten, ohne ihn dabei zu stören.

Für den Außenschutz der Anlage war der Führerbegleitbataillon verantwortlich. Er verfügte über Panzer, Flugabwehrkanone und schwere Waffen. Für die Sicherheit der Wolfsschanze sorgten auch Abhördienste, die die Aufgabe hatten, feindliche Flugzeuge in der Reichweite bis zu 100 km zu orten.

Mit der Tarnung der Wolfsschanze wurde eine spezialisierte Gärtnerfirma "Seidenspinner" aus Stuttgart beauftragt. Der Großteil der erbauten Gebäude besaß flache Dächer mit Vertiefungen von 10 bis 30 cm. Sie waren mit Erde gefüllt, in die man Sträucher einpflanzte, Grass säte und künstliche Bäume aufstellte. Auf den Kanten vieler Bunker befanden sich Metallbögen in Form eines verkehrten "U"s. Zwischen den Metallbögen und den daneben wachsenden Bäumen waren Tarnungsnetze gespannt. Aus der Vogelperspektive schaffte dies den Eindruck eines dichtbewachsenen Waldes. Die Effektivität der Tarnung wurde mit von einem Flugzeug aufgenommenen Photos gründlichst überprüft.

Unabhängig von visueller Maskierung wurde auch eine psychologische Tarnung eingesetzt, z.B. alle Arbeiter hatten in der Wolfsschanze einen zivilen Pass. Bis zum 21. Juni 1941 wurde der russische Linienflug zwischen Berlin und Moskau über der Wolfsschanze gestattet. So wollte man den Anschein erwecken, dass die im Wald erbauten Objekte keine wesentliche militärische Bedeutung haben.